免费商标查询会遇到的问题主要是在商标查询的局限性上，商标查询的局限性可以归纳为以下几点：一、查询的准确性无法得到绝对的保障。二、从查询的范围上看，某些国家只能查文字及数字商标，不能查图形商标。三、新提交的申请要经过一段时间才能供人查询。四、要求优先权的申请可能对查询之后提交的申请构成障碍。五、较难查明跨类近似的商标。六、可能构成障碍的驰名商标不在查询的范围内。

由于商标查询存在以上局限，因此，任何查询结果都只能作为一种参考，不能作为法律依据要求商标注册当局或查询代理人承担责任。尽管存在许多局限，商标查询的价值是无可否认的。实际上，商标检索无法涵盖的商标申请毕竟是少数，跨类近似与驰名商标造成的障碍也只是特例。经过查询后再提交的商标申请，其注册的成功率大大高于未经过查询即提交的申请的成功率。因此，为使自己的商标尽可能顺利的获得注册 及保护，商标注册人应积极运用商标查询的这一有效的工具。