商标注册还是会遇到一些风险的，但是这些风险是可以尽量规避的，这也是商标注册者需要重点做功课的地方。南京商标注册时会遇到的风险有：

一、商标查询“盲期”

商标局进行商标审查是通过检索商标局内计算机数据库中的各类信息，因为商标局天天都要收到大量的各类商标申请，而且这些申请资料都要人工逐一进行分类并通过扫描输入商标局数据库，因此，商标局从接到南京商标注册申请书件到可以从计算机数据库中检索到这些信息需要一定的周期，通常需要3~6个月，这就是通常说到商标查询盲期。因为商标查询盲期导致商标近似被驳回是南京商标注册不能避免的一种风险。

二、商标审查员的主观判断影响南京商标注册

每个南京商标注册申请的审查都是通过各个审查员独立完成的，因为不同的审查员在专业范围、知识面及工作经验、责任心等方面存在着一定差异，审查结果必定会受到主客观方面多种因素的影响。针对相同类型的个案，不同的审查员、不同种别的审查员可能得出截然相反的判定结果，而且法律也赋予审查员在审查过程中，根据个人理解所行使的自由裁量权。

三、商标代理机构专业水平也是构成南京商标注册风险的一个因素

我们知道南京商标注册有两种方式，一种是南京商标注册申请人自己去商标局办理，一种是委托代理机构代为办理。有数据显示，企业申请商标有80%以上都会委托商标机构，而由于商标申请具有较强的专业性和技术操作性，再加上南京商标注册本身具备一定的风险性，商标能否成功申请，商标机构的专业素质尤为重要。

(四)商标异议期的存在

商标即便通过商标局的审查，准予初步审定公告，但公告期有三个月，相关利害人可以对公告期的商标提出异议，如果理由及证据充分，仍能驳回已公告的商标，这就叫异议期。