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保健食品生产企业卫生许可证的审批部门为食品药品监督管理局。依据《中华人民共和国食品安全法》、《中华人民共和国行政许可法》、《中华人民共和国食品安全法实施条例》、《保健食品管理办法》、《保健食品良好生产规范（GB17405-1998）》，保健食品生产企业是需要取得保健食品生产企业卫生许可证的。
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GMP对企业的实力有很大要求，投入最大，需要建符合GMP要求的厂房， 需要适合生产批量且符合GMP要求的生产机器（从大到小的机器、工具基本都要不锈钢的），配套的检验室，还需要药学相关转业的质量部长和生产部长，还不得兼任，等等。简单的说，一个食品厂可以容易通过QS认证，比较难通保健GMP认证，理论上讲，食品生产投放为50万元就可以办理QS认证，保健GMP认证一般需要投入近千万硬件才能通过达标。
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想要顺利通过保健食品GMP认证审查，是需要准备齐全以下材料的，具体包括了：
1．申请报告
2．保健食品生产管理和自查情况；
3．企业的管理结构图
4．营业执照、保健食品批准证书的复印件（新建厂无需提供）；
5．各剂型主要产品的配方、生产工艺和质量标准，工艺流程图；
6．企业专职技术人员情况介绍；
7．企业生产的产品及生产设备目录；
8．企业总平面图及各生产车间布局平面图（包括人流、物流图、洁净区域划分图、净化空气流程图等）；
9．检验室人员、设施、设备情况介绍；
10．质量保证体系（包括企业生产管理、质量管理文件目录）；
11．洁净区域技术参数报告（洁净度、压差、温湿度等）；
12．其他相关资科。
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2005年7月1日正式施行的《保健食品注册管理办法（试行）》中，国家食品药品监督管理局首次将保健食品GMP认证制度纳入强制性规定。各地的执行时间不一样，河南等省局大约是从2010年5月开始，河南省卫生厅不再受理保健食品与化妆品的业务，而且所颁发的保健食品GMP证书与文号过期作废。
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依据保健食品良好生产规范，只要是保健品就必须有GMP认证以及有健字号的，仅有卫生证书不行，是必须的生产条件。
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申报资料是需要满足以下要求的，包括了：
申报资料原件1份、复印件1份。复印件应当与原件完全一致,应当由原件复制并保持完整、清晰。其中，申请表、质量标准、标签说明书还应当提供电子版本。所附的资料均须采用A4纸打印，图纸需标明面积及尺寸，并逐页加盖公章，如企业未有公章，法人代表须逐页签字。
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在认证申请过程中，是需要准备以下申请材料的，包括了：
1、保健品GMP认证申请表；
2、《保健食品生产企业生产许可证》和《营业执照》（复印件）；
3、保健食品生产管理和质量管理自查情况(包括企业概况、生产和质量管理情况及人员培训情况)；
4、保健食品生产企业（车间）组织机构图（注明各组织部门的名称、功能及相互关系、部门负责人）；
5、保健食品生产企业（车间）的负责人简历；检验人员文化程度登记表；技术人员专业、学历、职称、岗位情况一览表，高、中、初级技术人员占总员工数的比例情况表；
6、保健食品生产企业(车间)的周围环境图、总平面布置图及仓储平面布置图；质量检验场所平面布置图；
7、保健食品生产车间概况及工艺布局平面图［包括更衣室、盥洗间、人流和物流通道、气闸等，并标明人、物流向和空气洁净度等级及第三方(检测机构)检测报告］，空气净化系统的送风、回风及排风平面布置图，工艺设备平面布置图；
8、主要品种情况及申请审查剂型或品种工艺流程图，并注明主要过程控制点及控制项目；
9、保健食品生产企业（车间）灭菌设备、空气净化系统及清洁验证情况；
10、保健食品生产企业（车间）生产管理、质量管理及验证文件目录；
11、主要审查范围所涉及品种的连续3批生产记录复印件（新开办的保健食品生产企业）及三批样品；
12、生产管理和质量管理自查情况(按照GMP审查表顺序)；
13、其他需要提供的资料（产品说明书及标签样稿）。
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在办理保健食品GMP证书过程中，经审查不符合GMP的保健食品生产企业，可以委托符合GMP的企业进行生产，也可以咨询一些相关的咨询公司，受委托企业必须持有有效的保健食品生产卫生许可证，委托生产的保健食品在产品包装标识及说明书上必须注明“委托xxxx生产”，并注明受委托生产企业的地址。
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在保健食品GMP证书的办理过程中，需要准备以下办理材料，包括了：
1．申请报告；
2．保健食品生产管理和自查情况；
3．企业的管理结构图；
4．营业执照、保健食品批准证书的复印件（新建厂无需提供）；
5．各剂型主要产品的配方、生产工艺和质量标准，工艺流程图；
6．企业专职技术人员情况介绍；
7．企业生产的产品及生产设备目录；
8．企业总平面图及各生产车间布局平面图（包括人流、物流图、洁净区域划分图、净化空气流程图等）；
9．检验室人员、设施、设备情况介绍；
10．质量保证体系（包括企业生产管理、质量管理文件目录）；
11．洁净区域技术参数报告（洁净度、压差、温湿度等）；
12．其他相关资科。
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申请保健食品GMP证书，是需要满足以下申请条件的：
1、 企业应取得《药品生产许可证》，其生产范围包含申请认证范围内；
2、 申请认证范围必须含有取得注册生产批准文号的产品；
3、 GMP厂房验收合格；
4、 具有依法经过资格认定的药学技术人员、工程技术人员及相关的技术工人；
5、 具有与其药品生产相适应的厂房、设施和卫生环境；
6、 具有能对所生产药品进行质量管理和质量检验的机构、人员以及必要的仪器设备；
7、 具有保证药品质量的规章制度。
